Reformátor ekonóm

Pokoj, po ktorom Kopernik prahol, bolo však ťažké nájsť v dobe častých vojen. Križiaci, pôvodne pozvaní do Poľska, aby vyhnali Prusov, plienili teraz krajinu. Pevnosť vo Fromborku, v ktorej veži Kopernik žil a mal svoje observatórium, bola prestavaná na ochranu mesta, ktoré bolo často okupované. V roku 1516 bola Kopernikovi pridelená správa oblasti Olsztyn [Allenstein]. Preto žil štyri roky na zámku v Olsztyne, kam ho pripútali povinnosti správcu a odtiaľ spravoval i majetkové záležitosti kapituly.

Vždy dychtivý robiť nové pozorovania, Kopernik sa vracal do Fromborku kedykoľvek to bolo možné, či už na rôzne stretnutia, alebo na poradu s ostatnými členmi kapituly. Keď koncom roku 1519 vypukli naplno križiacke boje medzi Poľskom a rádom Teutonských rytierov, Kopernik sa vrátil do Fromborku. Neskôr bol vyslaný ako jeden z dvoch mierových delegátov na rokovania v Braniewe, ktoré však dopadli neúspešne a vojna pokračovala.

Rytieri obliehali Frombork, Kopernik však pokračoval v pozorovaniach. S jeseňou 1520 sa navrátil do Olsztynského zámku, kde organizoval obranné akcie. Obliehanie pokračovalo do roku 1521, keď bol dohodnutý neistý mier.

Ako odmenu za obranu Olsztynu bol Kopernik vymenovaný komisárom warmijskej diecézy a bol poverený znovuobnovením krajiny. Vykonal mnoho inšpekcií po zničenej krajine, kreslil nové mapy Warmie i celého Polska a zaviedol mnohé reformy, týkajúce sa znovuosídľovania, zásobovania a iných praktických vecí. Ako správca celej diecézy sa opäť vrhol na štúdium problematiky peňažníctva a ekonomiky, tak, ako za čias jeho vypomáhania strýkovi Łukaszovi z Watzenrode. V roku 1522 napísal memorandum o menovej reforme Rozprava o razení mincí. Sformuloval tu ekonomický zákon, neskôr i po ňom pomenovaný Zákon Greshama-Kopernika. Tento spis zapôsobil i na poľského kráľa a mnohé reformy v ňom opísané boli prijaté v roku 1528. Kopernik bol následne menovaný zastupujúcim poradcom vo veciach finančnej správy Pruska (1522-1529).

Po tomto období sa navrátil do Fromborku a pracoval sám na detailoch heliocentrickej teórie.