Štúdiá v Bologni
Po štyroch rokoch sa vrátil do rodnej Torune, bez ukončeného vzdelania, ako to bývalo v jeho dobe časté. Jeho strýko stále chcel, aby v Mikołajovom živote zohrávala významnú úlohu cirkev. Preto sa Mikołaj rozhodol odísť na Bolognskú univerzitu, aby získal titul na fakulte kanonického práva. Na univerzitu odišiel na jeseň 1496, aby započal trojročné štúdium.
Počas štúdií ho, i jeho brata Andrzeja, strýko Łukasz navrhol prijať ako kanonikov Fromborskej katedrály. 20. októbra 1947 dostal Kopernik oficiálnu správu o menovaní kanonikom a o príjme, ktorý s týmto postom súvisel. Kopernikova nie veľmi dobrá finančná situácia sa razom zlepšila, bez toho, aby musel zanechať štúdiá a odísť z Bologne, dostal totiž trojročný odklad nástupu svojich poviností. Okrem hlavného odboru - kanonického práva - sa Kopernik opäť zaoberal matematikou, astronómiou a navyše gréčtinou.
Astronómia ho zaujímala čoraz viac. Podarilo sa mu prenajať si izby v dome profesora Domenica Maria de Novara, astronóma, a začal pracovať spolu s ním na výskume a pozorovaniach. Pozoroval napr. prechod Mesiaca popred Aldebaran 9. mája 1497. Toto pozorovanie spomenul i vo svojom hlavnom diele De Revolutionibus v súvislosti s vysvetlením zatmenia Mesiaca. Je možné, že už v týchto dobách začal pochybovať a možno i uvažovať o zmene zaužívaného systému a výsledky pozorovaní v mysli dosádzal do heliocentrickej sústavy.
V roku 1500 navštívil Rím. Pri tomto okrúhlom dátume vyzvala cirkev všetkých kresťanov, aby prišli na púť do Ríma. Mikuláš tak urobil a zostal tam i prednášať matematiku a astronómiu. Mal vtedy 27 rokov. Pozoroval tu zatmenie Mesiaca 6. novembra 1500.
Na jar 1501 sa vrátil do Fromborku a 27. júla nastúpil na svoje miesto kanonika Warmijskej kapituly. Štúdium kanonického práva však nedokončil, a preto požiadal kapitulu, aby sa smel vrátiť do Bologne. Pod podmienkou, že bude študovať aj medicínu, povolenie dostal. Opät získal odklad, tentokrát dvojročný a k tomu finančný príspevok.