Štúdiá v Padove a Ferrare
Odišiel opäť do Talianska, avšak tentokrát do Padova. Ďalším dôvodom jeho odchodu by mohla byť túžba pokračovať v štúdiu astronómie. S týmto sa však pri žiadosti o odklad strýkovi nezveril.
Fakulta medicíny v Padove bola uznávaná a Kopernik tu študoval medicínu i astronómiu. Štúdium astronómie popri medicíne bolo vítané, pretože lekári pri diagnostike bežne využívali astrológiu. V historických záznamoch neexistuje zmienka o tom, že by štúdium medicíny dokončil, ale povolanie praktického lekára vykonával šesť rokov (1506-1512). Vyhľadávali ho biskupi i šľachta, ale liečil i chudobných a to zadarmo.
V roku 1503 sa rozhodol konečne získať doktorát z kanonického práva, ale nevrátil sa do Bologne. Titul získal na Univerzite vo Ferrare, kde zostal niekoľko mesiacov, kým sa vrátil do Padovy.